En trobar-se documentat el nom de Jafra al segle XIII i el castell del mateix nom al segle XIV, tot fa pensar que la capella dedicada a santa Maria devia ser anterior al segle XIII. Tanmateix, l’església no és documentada fins al segle XIV. El 1413 l’església de Santa Maria de Jafra es trobava en un lamentable estat, ja que tant el rector com la feligresía havien mort. Per aquest motiu, el 1432 l’església de Santa Maria de Jafra s’integrà dins la parròquia de Sant Pere d’Olivella.
De la primitiva església de Jafra no resta cap vestigi. L’actual edifici sembla ser obra del segle XVII (1688) i fou molt restaurat el 1850. La capella de Jafra es troba actualment en un estat de degradació progressiva. El fossar del costat també és una completa ruïna.