Era dins el terme del castell d’Eramprunyà i el lloc pertanyia a la parròquia de Sant Climent de Llobregat. La vall de Cans (Canis vallis) és documentada a la fi del segle X. Durant el setge de Tortosa, el 1148 Ramon Berenguer IV empenyorà la senyoria del lloc de Viladecans al bisbe de Barcelona. La capella de Sant Joan de Viladecans és documentada el 1272. El 1303 hi havia donades. El 1319 el bisbe Ponç de Gualba, atès que la parròquia de Sant Climent els quedava molt lluny, autoritzà els veïns de Viladecans a oir missa i rebre els sagraments a la capella de Sant Joan de Viladecans. El 1684 l’església era sufragània de Sant Climent. Se n’independitzà el 1746. En aquest segle s’edificà una nova església, que va ser destruïda en 1936-39. Es reconstruí tot seguit al mateix lloc, al centre de la població.