L’església parroquial de Vilanova de la Ribera o de Roter és esmentada per primera vegada l’any 976, en què el comte Oliba Cabreta comprà la vila de Baó, amb les seves esglésies de Sant Vicenç i de Sant Joan. L’any 996 Ermetruda i el seu fill Guerau adquiriren a través d’un bescanvi amb Frèdol, futur bisbe d’Elna, l’església de Sant Joan de Vilanova de Roter (o de la Ribera).
Esdevingué una dependència del priorat de Santa Maria d’Espirà de l’Aglí el 1172. Fou reconstruïda totalment al segle XVII, i en l’actualitat no conserva cap element o estructura d’època romànica.