Tot i que els habitants de la vila de Mequinensa eren majoritàriament musulmans, en bona lògica, tan bon punt es conquerí el castell de manera definitiva (1149), el bisbe Guillem Pere de Roda-Lleida hi dedicà una església, probablement una antiga mesquita, a la Mare de Déu. Trobem esment d’aquesta església parroquial de manera indirecta. Un document mequinensà de l’any 1177 fou redactat i subscrit per un prevere anomenat Galí, potser rector de la parròquia. En un instrument atorgat pels Montcada a favor de la vila de Fraga, compareix el testimoni d’un tal Simó de Santpere, que s’intitula clarament “rector de l’església de Mequinensa” (1287).
L’església parroquial de la vila vella de Mequinensa, en ruïnes, és un edifici neoclàssic de l’inici del segle XIX.