L’església parroquial de “Sancte Marie de Aqualta” apareix esmentada l’any 1048 en el testament d’Ermengol Bernat a favor de la canònica de Girona. Anys més tard, el 1058, la comtessa Ermessenda de Barcelona restituí l’“ecclesie de Acualta”al bisbe de Girona, Berenguer Guifré. El nom de Gualta i el seu terme, però, apareixen amb anterioritat, per exemple, en l’acta d’un judici celebrat al juny del 879 a Ullà, en presència de Teuter, bisbe de Girona, els comtes d’Empúries, Delà i Sunyer, i el vescomte Petrone, i l’any 959 entre els llocs on tenia possessions el magnat Riculf. L’església parroquial de Gualta apareix amb les denominacions d’“Agalta” en les Rationes decimarum de l’any 1280, d’“Agauta” l’any 1362 i de “Gauta” al final del segle XIV. L’església actual és una construcció del segle XVIII.