L’esment més antic de la parròquia de la vila de Bellpuig es troba en una llista de parròquies del bisbat de Vic de la primera meitat del segle XII, on consta el prevere de Bellopodio. Al llarg del segle següent es té notícia dels seus clergues i consta que el 1306 era de provisió dels Anglesola, dret que passà als Cardona-Anglesola, barons de Bellpuig. Per les visites pastorals dels anys 1332 i 1425, se sap que els altars de l’església eren els de Sant Nicolau, Sant Joan, Sant Pere, Santa Anna i Tots els Sants.
Com a església matriu en depenia la capella de Sant Bartomeu amb la seva confraria i el seu priorat, documentats el 1326. Sovint s’ha parlat de connexions o dependència d’aquesta església parroquial amb el monestir premonstratenc de Bellpuig de les Avellanes, però això és motivat per una confusió amb el desaparegut monestir premonstratenc i l’hospital Sant Nicolau de Fondarella, del municipi de Fondarella, fundat el 1220 pels Anglesola.
La parròquia de Sant Nicolau presidí des del 1485 la venerable Unió de Preveres de la baronia de Bellpuig, autoritzada pel papa Climent VII a instància dels barons Ramon III Folc de Cardona, virrei de Nàpols, i de la seva muller Elisabet. Comprenia aquesta unió els llocs i les esglésies de Bellpuig, Golmés, Vilanova de Bellpuig, Eixaders, Utxafava, Montperler i el Mor. Totes aquestes esglésies, incloses a la baronia, eran de patronat dels barons de Bellpuig.
La creixença de la vila fou la causa que s’erigís la nova església de Sant Nicolau, feta entre el 1571 i el 1591, un edifici d’una nau única, amb capelles laterals comunicades, volta de creueria composta i campanar de torre poligonal de sis cares. A dins, s’hi guarda el famós sarcòfag renaixentista de Ramon Folc III de Cardona-Anglesola, traslladat aquí des del convent de Sant Bartomeu. Sembla que la parròquia antiga era segurament a un nivell més baix d’on hi ha l’església actual, prop de la muralla de la vila.