Aquesta església, situada a l’extrem d’un contrafort que davalla del coll de les Moles, és un dels santuaris marians més cèlebres del Vallespir. És documentat des de l’any 1267, en què el noble Guillem Hug de Serrallonga feu un llegat de 10 sous a l’església de Santa Maria del Coral.
Al segle XVII hi ha constància de l’existència d’una confraria de la Mare de Déu del Coral. La parròquia de Prats hi celebrava una processó anual i el mateix feien altres parròquies veïnes. Durant els segles XVII i XVIII el santuari es refeu totalment.