Església parroquial del poble d’Isòvol, situat a l’estret del mateix nom, a la riba dreta del riu Segre. El lloc és esmentat des de l’any 965, que el comte Sunifred II de Cerdanya deixà en testament al seu germà Oliba diversos alous a Llívia i a Isòvol (Isogal). La villa d’Isòvol fou dels comtes de Cerdanya fins que Ramon Berenguer III comte de Barcelona i Cerdanya la llegà al monestir de Ripoll en el seu testament del 1131. Ripoll encara era senyor d’Isòvol el 1313.
La parròquia d’Isòvol no és esmentada a l’acta de consagració de la Seu d’Urgell i, de fet, no se’n tenen notícies directes fins a finals del segle XIII. L’any 1290 Ramon Pere, rector de Sant Miquel d’Isòvol, va arrendar per dos anys la parròquia d’Isòvol, a Pere Alrana, prevere. En aquest document es comprova que la propera església de Sant Miquel de Sansor (abans Santa Maria) era sufragània de la parròquia d’Isòvol. Sant Miquel d’Isòvol fou una de les esglésies cerdanes visitades pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona entre el 1312 i el 1314. Potser en un principi Isòvol havia depès de la parròquia d’Alf. L’actual església és una construcció neoromànica.