La vila d’Arnes és situada a la banda de tramuntana del terme, a 508 m d’altitud, en un turonet prop del riu d’Algars. El lloc d’Arnes sembla que fou conquerit definitivament pel rei Alfons I pels volts del 1163, i vinculat a la comanda templera d’Horta de Sant Joan.
De la seva primitiva església parroquial, dedicada a santa Magdalena, es desconeix el lloc d’ubicació dins el nucli urbà més antic. Tot i això, hi ha referències a la seva existència els anys 1279 i 1280 en la relació de la dècima papal, on consta que el seu rector pagà 36 sous per cadascun dels anys esmentats.
Á l’inici del segle XIV, com a resultat del creixement de la vila, es construí una nova església parroquial d’estil gòtic, de la qual hi ha restes vora el temple parroquial actual, també dedicat a santa Magdalena i bastit el 1693. Es tracta d’un edifici de tres naus, amb capelles laterals i un campanar de torre.