El lloc del Pont d’Armentera és conegut des de l’any 980, quan apareix esmentat en les afrontacions del castell de Cabra.
L’església del Pont d’Armentera fou en un primer moment sufragània de la de Querol. L’any 1348 l’arquebisbe Arnau Sescomes erigí en església parroquial la capella de Santa Magdalena del Pont d’Armentera, fins aleshores feligresia de Querol. Tanmateix, al final del segle XV consta que la parròquia del Pont d’Armentera era de col·lació i patronatge del rector de la parròquia de Querol.
L’any 1936 foren cremats els nombrosos retaules de l’església, llevat de l’altar major, construït el 1702, del qual se salvà la carcassa —però no pas les imatges— a causa de la gran vàlua econòmica que hom li atorgava. Procedent d’aquesta església es conserva al Museu Diocesà de Tarragona una imatge de la Mare de Déu dreta amb l’Infant als braços, de pedra calcària policromada, de mitjan segle XIV. Fou mutilada el 1936 però ha estat restaurada.