Malgrat que el lloc de Juneda és conegut des del 1133, no es tenen referències de la seva església parroquial fins a les dècimes papals dels anys 1279 i 1280, on apareix el “rectore ecclesie de Juneta”. L’any 1361, i amb motiu d’una visita pastoral, l’església de Santa Maria apareix com a cap d’una parròquia que tenia com a sufragànies les esglésies de Vimpeli, Puiggròs, Vilaplana i d’altres. Actualment, l’església parroquial, dedicada a la Transfiguració, pertany al segle XVIII.