Situada dins l’antic terme del castell de Gurb, fou sufragània de la parròquia de Santa Eulàlia de Riuprimer, fins que l’any 1878 fou promoguda a parròquia, bé que en la pràctica, actualment ja no funciona com a tal. El lloc d’Alboquers surt documentat ja l’any 964 (vila que vocant Albucharios), i l’església apareix com a parròquia amb el nom d’Albocers o Albochers en la llista més primitiva de parròquies del bisbat de Vic, que pot ésser datada de mitjan segle XI. Al llarg dels segles XIII i XIV surt amb els dos titulars de Sant Cugat i Sant Jaume, per coincidir antigament ambdues festivitats litúrgiques. En la visita pastoral del 1357, on és citada com Sant Cugat d’Albochers, consta ja com a sufragània de Santa Eulàlia de Riuprimer, dependència que perdurà fins al 1878. En aquesta darrera data s’independitzà i tornà a ésser parròquia independent, si bé la despoblació del terme ha fet que actualment els serveis parroquials hagin estat traslladats a la parròquia de Sant Bartomeu del Grau. De l’antic edifici és possible veure alguna part romànica entre els murs de la renovada església.