Probablement la primitiva església de Santa Maria es fundà a la darreria del segle XI, moment en què també es menciona el castell de Butsènit en la documentació conservada. Es coneixen del seu passat històric escasses referències documentals. Dues butlles del papa Alexandre III, datades els anys 1162 i 1179 i concedides a favor de la canònica de Sant Pere d’Àger, confirmen, entre les possessions de l’esmentada abadia, l’església de Butsènit amb els delmes, les primícies i els altres drets que se’n derivaven. En aquest sentit s’ha d’entendre, doncs, que aquesta església havia estat donada a aquell establiment religiós sense que per ara es pugui determinar en quin moment precís.
Posteriorment, l’ecclesia de Botcenit i el capellano de Boccenit són consignats el 1279 i 1280, respectivament, en les relacions de la dècima recaptada a la diòcesi urgellenca en aquells dos anys.
El temple de Butsènit apareix també sota el domini de la canònica d’Àger a la darreria del segle XIV, ja que en una àpoca que es conserva de l’any 1373 on es relacionen les esglésies per les quals el col·lector apostòlic reconeixia haver cobrat una certa quantitat de diners, es fa menció explícita de Santa Maria de Butsènit. La vinculació d’aquesta església a Àger es mantingué fins al segle XIX.
L’església actual de Santa Maria és un notable edifici barroc amb campanar ortogonal, bastit el 1748. És sufragània de la parròquia de Santa Maria de Montgai.