La primera església de Sant Martí era situada a la vall d’Aura, a la vora d’on ara hi ha la Flor de Maig, probablement; ningú, però, n’ha trobat cap resta ni se’n coneix la situació exacta. Devia construir-se pels voltants de l’any 1050, per tal com coneixem dues deixes destinades a la dedicació de l’església properes a aquesta data, una d’un mancús de l’any 1042 i l’altra de dos mancusos del 1047.
Un segle més tard, el 24 de febrer de l’any 1145, fou consagrada l’església; ben segur que aquesta consagració deu correspondre o bé a un nou edifici o bé a una refecció de l’anterior.
Aquesta església devia quedar molt allunyada de la feligresia, perquè en la visita pastoral de l’any 1584 s’insisteix que abans de sis mesos s’iniciï la construcció d’un nou temple, al pla, tal com ja s’havia manat en visites anteriors. Aquesta vegada devia donar-se compliment a l’ordre, perquè el 1594 es traslladava al pla el Santíssim Sagrament i s’iniciava així el culte a la nova parròquia; les obres no devien estar acabades del tot, perquè consta que encara s’hi treballava l’any 1600. Aquest edifici fou incendiat pels francesos el 1808 i en els anys immediatament posteriors s’utilitzà com a parròquia la capella de Sant Marçal del castell. Situada prop del cementiri, lluny del nucli de població, és anomenada avui l’església vella, i roman pràcticament abandonada.
L’església actual, ubicada al cor del poble, fou construïda l’any 1906 dins l’estil modernista.