Els pocs vestigis d’aquest castell es localitzen vora l’antiga església parroquial, en un espadat que domina el poble de Merli. Tot i que ens manquen proves documentals és lògic suposar que d’antuvi aquest lloc estigué lligat als senyors de la vall de Lierp. De fet, Berenguer Gombau amb la seva família i els homes de Merli foren els fundadors de l’església parroquial de Santa Maria, consagrada el 1122. Al principi del segle XIII el castell de Merli era infeudat a Guillem de Capella, la qual cosa confirmà el 1212 Pere el Catòlic a favor de la seva vídua, Ermessenda d’Erill, segons fur i costum de Barcelona. Després consta que Ponç III d’Erill, germà del prior d’Ovarra, dispensà els habitants de Merli de retre-li fidelitat per raó d’haver donat la castlania a l’església de Santa Maria de Merli. Finalment, el senyor Pere de Meitat lliurà el 1321 a Sant Vicenç de Roda el castell i vila de Merli. D’aquesta manera, fins el 1843, la població fou de la senyoria i jurisdicció del capítol de Roda.