Des d’un bon principi les esglésies de Çaidin foren adscrites a la diòcesi de Roda (1089), considerada continuadora de la seu visigòtica de Lleida, cosa que confirmà mitjançant butlla pontifícia Pasqual II el 1110. Tanmateix, el castell de Saidí, igual que Fraga i Mequinensa, no caigué en mans del comte Ramon Berenguer IV de Barcelona fins el 1149. Llavors les seves mesquites, amb llurs delmes i primícies, foren atorgades al bisbe de Roda, Guillem Pere, restaurador de la diòcesi de Lleida, que devia procedir a convertir la mesquita major de Saidí en parròquia, dedicant-la a sant Joan baptista. En redactar aquest prelat I’Ordinatio ecclesiae llerdensis el 1168, l’església de Çaydi fou integrada a la canònica de Lleida, i més concretament a la sagristia de la catedral, bo i reservant-s’hi la dignitat episcopal, les cenes i les quartes de dret de l’ardiaca.
Un membre important de la família dels barons d’Erill, anomenat Berenguer d’Erill, a les acaballes del segle XII dirigí la rectoria de Saidí amb el títol d’“abat”, car s’hi havia format una petita comunitat de clergues. Segons sembla, Berenguer d’Erill impulsà la construcció d’un nou temple que consagrà, essent ja bisbe de Lleida (1205-35). Així mateix, el rector de Saidí fou un dels que contribuïren a la dècima papal del 1279.
L’actual parròquia de Saidí, al mig del poble, és un edifici del segle XVIII, d’estil barroc.