Ara com ara no disposem d’informacions que documentin algun aspecte concret de la història d’aquesta església, tot i que notícies retrospectives indiquen que des d’antic, Santa Anna de Pelegrinyó va pertànyer a la diòcesi d’Urgell i depenia de l’església de Sant Miquel de Rocafort. Hom considera que es tracta d’una obra d’origen romànic, molt modificada i sobrealçada, capçada per un absis semicircular.