El poble d’Almenar és situat sobre el vessant de l’altiplà del Sas que mira vers la Noguera Ribagorçana. L’origen del topònim Almenar cal cercar-lo en la forma àrab al-manara, és a dir, torre de guaita. Les primeres mencions del “castrum antiquum qui dicitur Almanara” són de l’any 1085, amb motiu dels enfrontaments entre el Cid, que representava els interessos d’al-Mu’tamin de Saragossa, i al-Mundir de Lleida, que tenia el suport dels comtes catalans. Almenar fou conquerit el 1093. Malgrat que la repoblació del lloc s’inicià els anys posteriors a la conquesta, la seva colonització efectiva no es consolidà fins el 1147, amb motiu de la carta de poblament concedida per Ramon Berenguer IV a nous pobladors de Balaguer.
L’any 1095, el comte d’Urgell Ermengol V ja havia concedit a la canònica de Santa Maria de Solsona l’església de Sant Joan del castell d’Almenar i les esglésies que s’hi fessin en el futur. No obstant això, entre els anys 1097-1104 el monarca aragonès Pere I i el bisbe de Roda demanaren al papa la confirmació dels límits del bisbat de Roda, i, entre les esglésies incloses a Roda, s’hi consignà la capella castral d’Almenar. La possessió de l’església d’Almenar per part de la canònica de Solsona és confirmada en diferents butlles papals del final del segle XI i del segle XII. Per això no s’esmenta en l’Ordinatio ecclesiae Ilerdensis del bisbat de Lleida de l’any 1168.
Sembla, però, que l’església de Santa Maria d’Almenar no es degué construir fins poc després de la repoblació del lloc per colorís de Balaguer l’any 1147.
Al segle XIV es degueren iniciar les obres d’ampliació del primitiu temple, que fou totalment renovat en estil gòtic. En la visita pastoral feta l’any 1361, s’esmenta, a més de l’“altar maior Beate Marie”, l’“altar Beate Atine” i l’“altar Sancta Trinitat”, segurament com a reflex d’aquesta ampliació i renovació.
Al segle XVIII s’aixecà un nou campanar d’estil neoclàssic, que fou acabat l’any 1772.