La parròquia de Naüja, escrita sota la forma Anaugia, és citada en l’acta de consagració de l’església de Santa Maria de la Seu, document datat l’any 819, però que en realitat fou redactat al final del segle X. De l’inici del segle XI, hom té notícia que tant el monestir de Santa Maria de Ripoll com el de Sant Miquel de Cuixà tingueren a Anauga diverses propietats, que foren confirmades per les butlles que el papa Sergi IV els atorgà, respectivament, l’any 1011.
Una altra referència del lloc de Naüja data de l’any 1052 en el testament dels esposos Bonfill i Logrídia. Segons aquesta acta testamentària, Bonfill, en cas de mort, deixava l’alou que posseïa in villa Anauga a la seva muller i als seus fills, amb l’obligació de donar cada any dues lliures de cera a la canònica de Santa Maria de la Seu. Logrídia, per la seva banda, en cas de morir ella primer, deixava al seu marit en herència tot el que posseïa al Conflent, a condició que després de la mort d’ell i els seus fills, totes les propietats romanguessin a la susdita canònica. Encara molts altres documents de l’onzena centúria fan esment per diverses causes del lloc de Naüja.
A l’inici del segle XIV, entre els anys 1312 i 1314 hom sap que l’ecclesia Sti. Jachobi de Anuya fou visitada pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona, segons es relaciona en la llista de parròquies visitades d’aquella època que ha pervingut. D’altra banda, el capellà d’Anahugia contribuí a satisfer la dècima recaptada a la diòcesi d’Urgell l’any 1391.
De l’edifici romànic primitiu, no ha romàs gairebé res, ja que aquest temple parroquial, d’una sola nau, va ser totalment reconstruït al segle XVIII; durant les obres practicades en la centúria esmentada es va suprimir l’absis semicircular i s’obrí una porta nova on es pot llegir la data del 1737. Només es conserva d’època romànica una part del mur meridional, prop del presbiteri, on hom distingeix encara les traces de l’antic arc triomfal de mig punt. A la façana de ponent s’alça un campanar d’espadanya d’un sol ull.