El lloc de Formiguera és conegut des del 873, any en què Sigebod, arquebisbe de Narbona, consagrà l’església de Santa Maria, situada al comtat de Rasès, a la vil·la de Formiguera. Malgrat aquestes notícies tan antigues de l’indret, no és fins al segle XIV que s’esmenta el castell, en concret el 1369. Sembla, però, que la fortalesa era construïda de molts anys abans. Segurament hi morí el rei Sanç I de Mallorca el 1324. Fou un castell important, com tots els situats a la frontera amb França. S’ha documentat un atac al castell per part de tropes franceses el 1598.
Formiguera fou un domini dels comtes de Carcassona-Rasès, i més tard, a partir d’Oliba I Cabreta de Cerdanya-Besalú, passà als comtes de Cerdanya i, d’aquests, als comtes de Barcelona, esdevinguts reis d’Aragó. Formiguera estigué infeudat a diverses famílies, entre elles els So, que hi tingueren alguns drets. El rei Joan I, a la darreria del segle XIV, concedí la jurisdicció de Formiguera i Matamala a Joan Garrius. Més endavant trobem la senyoria del terme i del castell en mans de la família Ortafà. L’any 1460 Damià Descafilar va rebre de la seva esposa Joana d’Ortafà i d’Oms, en concepte de dot, la senyoria de Formiguera. Durant tot el segle XVI i fins entrat el segle XVII estigué en mans dels Descafilar. L’any 1631 Pere Ramon Safortesa, procurador reial de Mallorca, va comprar la senyoria de Formiguera a Lluís Descafilar i l’any següent el rei Felip III l’investí del títol de comte de Formiguera. Josep d’Oms I de Tord, comte i darrer senyor de Formiguera, emigrà el 1793 arran de la Revolució Francesa.
Encara resten alguns minsos vestigis del castell i de la fortificació de la cellera a l’entorn de l’església parroquial de Santa Maria, principalment a l’actual edifici de l’Ajuntament.