Església parroquial esmentada des del 964. Entre els anys 1072 i 1198 la documentació l’anomena indistintament Sant Fruitós in Kastro Terciolo o Castrotercioli i Sant Fruitós de Genebreda, bé que del final del segle XII en endavant sempre s’esmenta únicament amb el cognom de Castellterçol. L’apel·latiu de Ginebreda el devia rebre de l’antiga villa o gran propietat de la Ginebreda, encara subsistent al nord de la vila.
L’església de Sant Fruitós va esdevenir el centre d’una gran parroquia i població. El 1130 l’església amb la seva sufragània de Sant Julià d’Úixols fou cedida al monestir de l’Estany, el qual va crear una pabordia el 1406. Aquesta pabordia es va institucionalitzar a partir del 1430 i fou regida inicialment per canonges de l’Estany; fins el 1850 els seus rectors s’intitularen pabordes.
L’església fou renovada al principi del segle XVII i ampliada els anys successius. Subsisteix com a centre i parroquial de la vila de Castellterçol i no en queda cap element d’època romànica.