Església parroquial del poble d’Er, que és situat a la part de tramuntana del terme municipal, a la dreta del riu d’Er; consta de dos nuclis que són a tocar l’un de l’altre, Er de Baix, arran del riu, i Er de Dalt, sobre una petita elevació. Una de les primeres mencions del lloc i de l’església de Sant Genís d’Er data de l’any 957, quan l’acòlit Desideri donà al monestir de Sant Miquel i Sant Germà de Cuixà uns alous que li havien estat cedits en entrar al monestir pel levita Hortal, un dels quals era situat in villa que vocatur Egerre, el qual afrontava per una part amb l’hort de l’església de Sancti Genesii. Així mateix, la parròquia d’Er (parrochia Ezerre) és esmentada en l’acta de consagració de Santa Maria de la Seu d’Urgell, datada el 819, tot i que sembla que fou redactada a la darreria del segle X. Posteriorment, l’any 1052, hi ha notícia d’una convinença feta entre el bisbe de la Seu d’Urgell, Guillem Guifré, d’una banda, i Ponç Ramon i la seva mare Arsenda, de l’altra, segons la qual l’esmentat prelat els concedí ipsam ecclesian Sancti Genesii de Ezerr amb els delmes, les primícies i les oblacions dels fidels, en canvi de determinats drets feudals. Vint anys després, el 1071, el mateix bisbe Guillem Guifré permutà als canonges de Santa Maria de la Seu l’església de Sancti Genesii de Ezerr amb els seus termes i les seves pertinences, la tercera part de la parròquia de Montellà i la degania de Cerdanya, per la senyoria del castell de l’Aguda (Vilanova de l’Aguda).
D’altra banda, l’església d’Er és citada com a parròquia l’any 1163 en una butlla del papa Alexandre III a favor de l’abadia de Sant Martí del Canigó, per la qual ratificava a l’esmentat cenobi les seves possessions, entre d’altres diversos predis in parrochia Sancti Genesii Ezerr. Al final del segle XII, l’església d’Er consta que fou saquejada pels exèrcits del comte Ramon Roger de Foix i Arnau, vescomte de Castellbò, defensors de l’heretgia càtara.
De la darreria del segle XIII, els anys 1279 i 1280, hi ha referència que el capellà d’Er contribuí en l’impost de la dècima recaptada en aquell moment a la diòcesi d’Urgell. Entre els anys 1312 i 1314, consta que la parròquia de Sant Genís d’Er fou visitada pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona, segons la relació d’esglésies parroquials visitades que ha pervingut d’aquells anys.
L’església de Sant Genís és un edifici totalment reconstruït entre els segles XVIII i XIX, com indiquen la data del 1790 inscrita en la porta d’entrada i la del 1863 gravada en l’arc toral més proper al cor. Consta d’una sola nau, coberta amb volta apuntada, i amb tres capelles laterals per banda; a la nau se li va afegir a l’extrem de llevant un presbiteri més ample i un cor a ponent. En l’actualitat, del que fou l’edifici d’època romànica, en podria quedar algun element a la part posterior oriental, com es pot observar exteriorment des del cementiri, però de fet, aquest aspecte tan sols podria ser confirmat mitjançant una excavació arqueològica.