Cal cercar l’origen de la parròquia i el lloc de Sant Marçal en el villare Mansaldi, documentat per primera vegada l’any 869 en un precepte de Carles el Calb, concedit al seu fidel Dodó, vassall d’Otger. En aquesta època, tot el territori actual de Sant Marçal formava part de la parròquia de Sant Pere de la Serra (actual santuari de la Trinitat del municipi de Prunet i Bellpuig).
L’església de Sant Marçal és consignada des del 1185, en què Ramon d’Orla llegà als templers del Masdéu la seva part de l’alou que ell posseïa dins el terme de Sant Pere de la Serra i Sant Marçal.