L’església parroquial de Sant Pere de Púbol és actualment al terme de la Pera. El lloc de “Púbol” és esmentat per primera vegada l’any 1017 en una butlla del papa Benet VIII, en la qual són confirmades les propietats del monestir de Sant Esteve de Banyoles en diversos indrets, entre els quals hi ha el de Púbol, a la vall de la Pera. Aquesta església és esmentada l’any 1020, quan la comtessa Ermessenda de Barcelona restituí al bisbe de Girona la fortalesa i l’església de Púbol amb les seves pertinences.
D’ençà de l’any 1065, en què el noble Gausfred Bastons de Cervià rebé del comte Ramon Berenguer I els castells de Púbol i de Cervià de Ter, aquell passà per diverses famílies. L’any 1420 apareix un senyor de Púbol, de cognom Corbera. Fou sota el domini d’aquesta família que hom bastí l’església gòtica, les obres de la qual començaren l’any 1327 al costat de tramuntana del castell, el qual substituí la capella esmentada l’any 1020. En un document de l’any 1362 l’església de “sancti Petri de Pubulo” és esmentada com a sufragània de la Pera; en canvi en els nomenclàtors sinodals del mateix segle XIV no figura aquesta dependència, sinó que hom parla de l’església parroquial de Sant Pere de Púbol. Al segle XVI hi fou afegida una capella i al segle XVIII la sagristia.