El lloc de Naüja, emplaçat a la capçalera del riu Rigat, és esmentat freqüentment en la documentació a partir del segle XI. En aquesta època i posteriorment, ja al segle XII, la senyoria de Naüja pertanyia a la nissaga dels Urtx, probablement sorgida de la casa vescomtal de Cerdanya-Conflent, i que havia pres el nom del poble d’Urtx. En aquest sentit hi ha una referència que Galceran I d’Urtx, mort vers el 1173, era senyor de Naüja, d’Urtx i d’una part de Jóc. D’aquest indret és originari un llinatge anomenat Naüja; així, en un document datat el 1177, Arnau Bertran de Torrelles va vendre a Alfons I de Catalunya-Aragó tots els drets que tenia al vescomtat de Jóc, exceptuant-ne, però, la cavalleria de Bernat de Naüja, personatge que devia ésser vassall del rei.
Poc després, l’any 1183, el mateix Alfons I autoritzà a Galceran II d’Urtx la construcció d’una força a Naüja, amb la qual pogués fer la seva voluntat (forciam in Anauga, terream vel lapideam, qualemcumque facere volueris).
Galceran II, que s’havia casat amb Blanca de Mataplana, morí vers l’any 1247; llur fill i hereu, Ramon II, es casà amb Esclarmunda de Conat. Donà carta de poblament per a Castellar de n’Hug (1292) i a la Pobla de Lillet (1297). Morí l’any 1297 i fou enterrat al convent de Sant Domènec de Puigcerdà. La seva làpida sepulcral, amb una escena del seu enterrament, es guarda al Museu Nacional d’Art de Catalunya.
De la força de Naüja, no n’ha quedat cap rastre. L’indret degué passar, juntament amb els altres antics dominis dels vescomtes de Cerdanya, al domini reial, dins el qual es trobava quan esclatà la Revolució Francesa.