La parròquia d’Esterri apareix documentada en l’acta de consagració de la Seu d’Urgell, amb el nom d’Stirri, sense especificar-se l’advocació.
Dins l’organització eclesiàstica de la Vall d’Àneu, la parròquia d’Esterri era el centre del deganat d’Àneu, almenys això és el que es desprèn de les referències documentals dels segles XVI i XVII, època en la qual fou construïda l’església actual, que substituí l’antiga església parroquial, actualment convertida en capella del cementiri i en estat ruïnós.
La història de l’església parroquial d’Esterri és força complexa, a causa de la precarietat de la documentació antiga conservada, i a la problemàtica general dels edificis de la Vall d’Àneu, plens d’interrogants. En aquest cas concret, cal afegir-hi, a més, l’existència, segons C. Rocafort, d’una canònica situada a la vila d’Esterri d’Àneu a partir del 1624, i que devia ser absorbida per l’església parroquial d’aquesta població, amb categoria d’arxiprestal. D’aquesta canònica no hi ha més notícies, tret de la que facilità Agustí Coy i Cotonat, en dir que “l’actual iglesia era convent”.
La parròquia d’Esterri apareix en la relació de parròquies de l’oficialat de la Vall d’Àneu, Espot i la Coma de Berrós del 1574.
Actualment és el cap d’una àmplia demarcació parroquial.