Aquesta església es trobava situada dins l’antic terme del castell de Sant Esteve o de Centelles. Inicialment fou parròquia per passar a la situació de sufragània que és la que té actualment. Encara que l’església és molt antiga, el lloc de les Perxes no apareix entre les viles i vilars vinculats l’any 898 a la parròquia de Sant Martí d’Aiguafreda o del Congost, la qual cosa podria fer pensar que es pot tractar d’un dels llocs no identificats plenament. L’església de Perteges apareix en una llista de parròquies del bisbat de Vic que correspon a una situació datable entre els anys 1025 i 1050; per tant ja era construïda i exercia funcions parroquials. En una altra llista datable uns anys abans del 1154 també apareix com a tal amb el nom de Pertxes, poc temps després, l’any 1162, es torna a documentar. Però la despoblació que afectà el camp català al principi del segle XIV degué motivar que perdés les funcions parroquials i esdevingués sufragània de Sant Martí de Centelles, condició que ja tenia vers l’any 1330, quan el bisbe Galceran Sacosta visità repetidament la zona; l’església de Sant Miquel Sesperxes no es troba entre les visitades. Aquesta condició és la que manté encara en l’actualitat.