Segons un document de l’any 1018 hi havia una església dedicada a sant Joan Apòstol a Vilanant, “juxta domum Sanctae Mariae””. A poques passes davant la façana de la parròquia de Santa Maria hi havia, fins els anys 1975-80, que fou enderrocada, una petita capella, sense culte, que havia estat de Sant Sebastià, construcció popular característica del segle XVII (data de 1650 a la porta), la qual no és pas impossible que ocupés el lloc del temple medieval esmentat.