L’actual castell palau gòtico-renaixentista de Sant Mori no és anterior al segle XV. El lloc de Sant Mori és esmentat, com a límit del territori monàstic, en l’acta de consagració de l’església del monestir de Sant Miquel de Fluvià, l’any 1066. El castell de Sant Mori és documentat l’any 1149, en el testament sacramental de Guerau de Rupià, fet amb motiu de “pergere ad Ispaniam”, en què deixà alous al seu fill Guillem. L’any 1286 el cavaller Bernat d’Aiguaviva llegà al seu nebot Dalmau de Creixell el castell de Sant Mori i la vila de Vilaür. Guillem de Creixell, fill de Dalmau, fou succeït per la seva filla Gueraula, casada amb Bernat de Vilagut. L’hereu, Pere de Vilagut, no tingué fills, i la seva esposa Joana, filla del baró de Cabrenys Guillem Hug de Rocabertí, féu hereu el seu germà Pere de Rocabertí, nat vers l’any 1415. Amb ell sorgí la branca dels Rocabertí, barons de Sant Mori, convertits en Cardona-Rocabertí arran del casament de l’any 1503 entre Caterina de Rocabertí, hereva del baró Bernat Hug, amb Jaume de Cardona. D’aquesta època —segles XV i XVI— és la reconstrucció total del castell.