El terme de Sant Mori (“Sancto Mauritio”) apareix esmentat l’any 1066 en l’acta de consagració de Sant Miquel de Fluvià, com un dels límits meridionals del territori del monestir. El topònim indica que ja hi devia haver l’església. L’església parroquial de Sant Maurici apareix documentada en les Rationes decimarum de l’any 1279, tot i que hi figura amb el nom erroni de “Sancto Martino”. L’any 1280, en comptes del nom anterior hi ha escrit “ecclesia Sancto Mauricio”, nom amb el qual és consignada en un document de l’any 1316. L’any 1362 consta que l’església de Sant Mori era sufragània de l’església parroquial de Saus i encara ho era al segle XV. L’església actual és un edifici del segle XVIII; segons la data que figura a la sagristia, sembla que la seva construcció devia començar l’any 1750, mentre que la portada indica l’any 1788, data en què es devia acabar l’edifici.