Les notícies històriques d’aquesta capella a tocar de l’antiga masia de ca n’Estaper són molt escasses. Sabem que existia el 1047, perquè és esmentada en l’acta de consagració de l’església de Sant Cebrià d’Aqualonga que tingué lloc aquest any. En aquest document llegim que l’església de Sant Cebrià té moltes possessions i alous propers a l’església de Sant Joan del castell de Benviure, textualment “subtus Ecclesiam Sti. Joannis Castrí Benevivere”.