Antiga església parroquial, avui desapareguda, del terme del castell dels Arcs. Era situada a la partida del mateix nom, al sud del municipi actual. L’església de Arcubus és documentada per primera vegada en la butlla que el papa Celestí III atorgà a l’església de Tarragona l’any 1194, on consta que pertanyia al precentor de la catedral. El rector d’Arcubus pagà 45 sous els anys 1279 i 1280 en concepte de dècimes papals.
L’església dels Arcs, que al final del segle XV era de col·lació de l’arquebisbe, tenia com a sufragània l’església de Santa Caterina de Vinyols, que amb el temps absorbí la seva matriu a causa del despoblament dels Arcs i l’augment demogràfic de Vinyols. Al llibre de la col·lecta del subsidi de l’arquebisbat de Tarragona per al quinquenni de 1570-74 ja no es consigna l’església dels Arcs. Més endavant, al segle XVIII, la documentació ja certifica amb tota seguretat que l’església de Sant Joan dels Arcs havia esdevingut una sufragània de Vinyols.