Aquesta església és situada a l’antic municipi de Castell d’Empordà, agregat, d’ençà de l’any 1975, al de la Bisbal. L’església és esmentada en un document de l’any 1101, amb el nom de “Sancti Martini de Laneras”, i en les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280, amb les variants d’“ecclesia de Laoneris” i de “Laneriis”, respectivament. Al segle XIV figura encara com l’església parroquial de Sant Martí de Llaneres; posteriorment, però, apareix com la parroquial de Castell d’Empordà. L’edifici actual fou començat a construir l’any 1584. Entre els segles XVII i XVIII hi fou construïda, a la part oriental, una capella dedicada a la Mare de Déu del Roser. El 16 de desembre de 1746 fou beneïda la nova ornamentació d’aquesta capella, que sembla que fou sufragada pels Margarit, ja que hi fou col·locat el seu escut.