L’església de Sant Miquel fou des de la seva construcció l’església del lloc i del castell de Peguera, al comtat de Berguedà. La primera referència documental del lloc i concretament del castell de Peguera és del segle XI; es tracta del jurament de fidelitat fet per Pere Ramon, entre 1068 o 1095, al comte Guillem de Cerdanya pels castells de Peguera (Pegera), Fígols, Vallmanya i la casa i fortalesa de Berga. El castell de Peguera dominava una àmplia zona de pastures que el segle XII foren cedides pels senyors del lloc al monestir de Santa Maria de Poblet; l’any 1166 el rei Alfons el Cast concedia a Pere de Berga la facultat d’erigir un castell al lloc de Blancafort, dins el terme del castell de Peguera. Les notícies sobre l’església de Sant Miquel de Peguera són nul·les; devia tractar-se de l’església del castell sense funcions parroquials car no s’esmenta com a tal en la visita al deganat de Berguedà de l’any 1312. El segle XVIII era sufragània de l’església parroquial de Santa Cecília de Fígols.