Segons els autors que han estudiat el terme de Canet, des del segle XI hi havia a la vall de Canet i Romeguera, prop de l’actual castell de Santa Florentina, una primitiva església dedicada a sant Pere. Entorn el 1461 aquesta capella es va reedificar a l’indret on ara hi ha el santuari de la Misericòrdia de Canet, quan es va formar el nucli de poblament, a la part marítima de Sant Iscle de Vallalta, que donaria lloc a la població. L’actual església de Sant Pere de Canet del centre de la vila, bastida entre el 1579 i el 1591, seria un tercer trasllat d’aquella primitiva església d’època romànica, de la qual no sabem que quedi cap vestigi.