Una de les primeres referències del lloc i castell del Codony és testimoniada arran de la concòrdia que signaren els Claramunt i els Cardona amb el rei Alfons I i l’arquebisbe Berenguer de Vilademuls el 1175, i que fou ratificada per aquests darrers el 1177, amb l’obligació de bastir una muralla entorn del castell i la vila del Codony.
L’antiga església de Sant Pere del Codony —de la qual es desconeix l’emplaçament exacte— fou l’única església parroquial de la contrada en època medieval. Aquest temple és esmentat com a ecclesiam de Contunno l’any 1154 en la butlla que el papa Anastasi IV concedí a l’església de Tarragona. Novament, a la darreria d’aquesta centúria, el 1194, l’ecclesiam de Coetano torna a ésser mencionada en la butlla que el papa Celestí III atorgà, així mateix, a la seu metropolitana de Tarragona.
Al segle XIII, en la relació de les parròquies que contribuïren a sufragar la dècima recaptada els anys 1279 i 1280, hi figura el rector de Cotacno, el qual abonà 68 sous i 2 diners, el primer any, i 61 sous i 4 diners, el segon any esmentat.
Els nuclis de població dels encontorns que abastava el terme d’aquesta parròquia i que en depenien per al culte i funcions litúrgiques eren, a més de la vila del Codony, Perafort, Puigdelfí, les Franqueses del Codony, la Secuita, Vistabella, Tapioles, els Masos, la Pobla de Mafumet, la Camareria i les Quadres de Baró. Amb el temps restaren directament vinculades a l’església de Sant Pere de Codony els llocs del Codony, Perafort, Puigdelfí i les Franqueses del Codony.
El poble del Codony, a cavall dels segles XIV i XV, canvià de situació; tanmateix, l’església, la rectoria i el fossar no variaren d’emplaçament. Aquest fet deixà desemparada l’església, que experimentà diverses penalitats i robatoris. El 25 de març de l’any 1726, l’arquebisbe de Tarragona, Manuel de Samaniego y Jaca, donà ordre de retirar el Santíssim Sagrament de la parròquia de Sant Pere del Codony. El rector es traslladà a viure a la Secuita l’any 1731, mentre que un vicari anà a residir a la Pobla de Mafumet. Els habitants del Codony, Perafort, Puigdelfí i les Franqueses del Codony, per evitar la pèrdua d’un servei religiós fix traslladaren l’església, la rectoria i el fossar de Sant Pere del Codony a un altre indret del terme del Codony, davant del poble de Perafort. L’any 1842 el Codony es fusionà amb Perafort i l’església varià el nom de Sant Pere del Codony per Sant Pere de Perafort, que adquirí la categoria de parròquia el 1867.
El pla de vicaries de l’any 1772 convertí l’església “mare” de Sant Pere del Codony en una vicaria nutual.
L’església parroquial del Codony, al final del segle XV, era de col·lació de l’abadessa de Pedralbes. Tradicionalment, foren esglésies sufragànies del Codony les de la Secuita i la Pobla de Mafumet.
Cal fer esment, així mateix, del poble de Puigdelfí, que, com ja s’ha dit, formava part del terme del Codony, l’església del qual també feia els serveis de culte als habitants de Puigdelfí. Tal com s’ha dit, quan l’església del Codony fou traslladada davant el poble de Perafort, els feligresos de Puigdelfí acudien a aquesta església per als serveis religiosos, però posteriorment, com que es negaren a continuar anant a aquesta església, l’any 1788 l’arquebisbe Francesc Armanyà, els autoritzà a acudir, indistintament, a les esglésies de la Secuita, Perafort o la Pobla de Mafumet per a rebre els sagraments. Finalment, Puigdelfí tingué la seva pròpia església, dedicada a sant Sebastià, que fou erigida el 1794 sobre els murs que restaven del castell; en aquell moment era sufragània de la de la Secuita, fins que l’any 1867 fou erigida en parròquia independent.