L’advocació de santa Margarida, del terme del castell de Salàs, és esmentada l’any 1200, en la cessió d’un lexivum i de l’alou de Santa Margarida, feta per la comtessa Guillema a favor d’Arnau Pere i Ermengarda. El 1239, en la donació d’un alou a Arnau Pere i Ermessenda, s’esmenta el preceptor de Santa Margarida de Salàs. En la visita pastoral del 1758 a la parròquia de Salàs, s’indicà que la capella de Santa Margarida estava “indecente”.
Possiblement un progressiu abandonament de l’edifici ha estat la causa de la seva desaparició.