Aquesta església fou la primitiva parròquia de Vernet. Es trobava separada vers el nord del nucli de la vila de Vernet, aigües avall de la ribera de Cadí, al seu marge esquerre. En aquest paratge, dit de Sant Sadurní de Vilallonga, ara hi ha el mas Mauri o Clos de Pomers i no sembla que hi quedin vestigis del temple medieval.
L’any 874 fou celebrat un judici a l’església de Sant Sadurní de la vil·la Vernetum, en el qual Llorenç, de Canavelles, va poder demostrar que no era serf fiscal, enfront del mandatari del comte Miró. Es tracta de la primera notícia de l’església.
L’any 1025 Berenguer, bisbe d’Elna, permutà amb l’abat Esclua de Sant Martí del Canigó, l’església de Sancti Saturnini ville Verneti, que quedà en possessió del monestir, per l’església parroquial de Marquixanes. Sant Sadurní figura confirmada al dit monestir a la butlla del papa Alexandre III de l’any 1163, juntament amb l’alou de la vil·la de Vernet: “ecclesiam Sancti Saturnini de Verneto cum decimis et primitiis et omni libertate sua, villam de Verneto cum terminis et pertinentiis suis”.
Una avinguda del Cadí enderrocà completament l’església de Sant Sadurní de Vernet (o de Vilallonga) l’any 1710. No fou reconstruïda i la parròquia i l’advocació passaren a l’església de Santa Maria, situada al costat del castell de Vernet, del qual en origen era la capella. Sembla que procedeix d’aquest temple una columna decorada que ara es conserva a l’actual parròquia.