Aquesta església, actualment desapareguda, era a la riba esquerra de la Tet, una mica més amunt de l’antic pont de Sant Andreu, del qual només resta l’estrep de la banda esquerra, ja que fou destruït pel pont actual, sobre el qual passa la carretera nacional.
L’església de Sant Andreu havia estat el temple de la “vila nova”, és a dir, de l’actual raval de la vila de Vilafranca de Conflent.
Una única menció documental d’aquesta església data de l’any 1217, en què Ademar de Montalbà va donar a la seva filla Berenguera diverses possessions a Vilafranca, a la “vila nova”, entre les quals hi havia una vinya al terme de l’església de Sant Andreu. Al segle XVIII sembla que aquest temple canvià la seva advocació per la del Sant Esperit.