L’església parroquial de Sant Miquel de Vallfogona de Balaguer es degué construir al principi del segle XII, una vegada conquerida la ciutat de Balaguer i el seu terme. Vallfogona era un lloc de l’antic terme de la ciutat de Balaguer. De fet, durant molt temps l’església de Vallfogona constarà com a subjecta a la parròquia de Santa Maria d’Almatà, de Balaguer, més tard traslladada a Santa Maria Major. La notícia més antiga sobre aquest temple és del 1163, en un judici i una convinença establerts entre el bisbe Bernat Roger i els canonges d’Urgell i el prepòsit i els canonges de Solsona sobre els seus drets en les esglésies de Balaguer i dels seus voltants. Ambdues parts acordaren que Santa Maria de Solsona i Santa Maria de Balaguer o d’Almatà tindrien en comú l’església de Vallfogona, juntament amb Linyola, Bellestar i la Fuliola, i en compartirien els drets. La vinculació amb Solsona de la parròquia de Vallfogona es confirma en les butlles dels papes Alexandre III (1180) i Climent III (1188). En una relació d’esglésies pertanyents a la canònica solsonina del final del segle XIII, s’esmenta de nou que l’església de Vallfogona, juntament amb Linyola i Bellestar, es tenien a mitges amb el rector de Balaguer. Sant Miquel de Vallfogona surt documentada posteriorment, en la relació de la col·lecta de la dècima de la diòcesi d’Urgell del 1391.
L’edifici actual és una construcció del segle XVIII, neoclàssica, que ha sofert moltes remodelacions. Va resultar molt afectat durant la guerra civil de 1936-39.