L’església parroquial de Santa Eugènia de Vila-romà és situada al nucli conegut com Sant Joan de Palamós, cap de l’antic terme de Vila-romà i posterior municipi de Sant Joan de Palamós, el qual fou agregat al de Palamós l’any 1942. Fins l’any 1428 la població de Palamós depengué de la parròquia de Santa Eugènia de Vila-romà. L’any 1163 en una butlla del papa Alexandre III hom confirmava l’alou de “villa Romaní” al monestir de Sant Feliu de Guíxols. En una sentència arbitral de l’any 1191 s’esmenta l’“ecclesiam Sanctae Eugeniae”. La “capellae de Villaromano” és esmentada en el testament del bisbe Pere de Castellnou de l’any 1278. Hi ha referències a la parròquia del 1314, 1315, 1319, 1329. Segons P. Alsius i C. Pujol, al segle XIV Santa Eugènia de Vila-romà i la veïna església de Sant Mateu de Vall-llobrega formaven un sol districte parroquial i n’era considerat rector l’abat de Sant Feliu de Guíxols, monestir que hi tenia importants drets i dominis. Així és consignat, efectivament, en les llistes del Llibre verd de la seu de l’any 1362, i ja sembla desprendre’s també, així mateix, de les referències que figuren en les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280. En canvi ambdues parròquies apareixen ja esmentades per separat en els nomenclàtors diocesans del final del segle XIV. L’església actual és un edifici del segle XVIII (a la façana hi ha gravada la data 1778).