Aquesta església era situada prop de la casa i l’antic terme de la Llenca, entre el barranc del Molí del Pubill i la Noguera Ri bagorçana. Ara sols en resten escassos vestigis. Consta la seva existència per primera vegada el 1103, en què els vescomtes d’Àger dotaren l’abadia de Sant Pere d’Àger amb les esglésies d’Algar. També la butlla del papa Alexandre III la inclou entre les esglésies i els castells del monestir d’Àger (1163). L’any 1271 l’abat Pere d’Àger conferí Santa Maria d’Algar a un tal Pere Maença. Sembla que l’indret d’Algar o Salgar es despoblà arran de la crisi del segle XIV, ja que Santa Maria d’Algar esdevingué aleshores una filial de Sant Julià de Boix (1372). Al segle XVI, però, les esglésies d’Algar i de la Penella són consignades com a sufragànies de l’església parroquial de Valldellou.