Llupià deu el seu origen a una vil·la romana, com indica el seu nom, Lupianum (vil·la de Lupus, Lupius o Lupianus). La primera menció conservada, gràcies al cartulari de Cuixà, es troba dins una carta del 10 d’agost del 953, per la qual un tal Eldebrand donava al monestir “el seu alou” a llocs diversos del Rosselló, entre d’altres al territori de Lupianum. Uns anys més tard (1 d’octubre del 965) el testament del comte de Cerdanya Sunifred manava lliurar a l’abadia de Sant Pere de Rodes “el seu alou de Llupià”, possessió que li va ser confirmada per butlles pontificals el 974 i el 990 i per un precepte del rei Lotari el 982. El 967 el monestir d’Arles n’adquirí també uns béns, llegats pel levita Sunifred. Durant el primer quart del segle XI, Cuixà arrodoní encara el seu domini de Llupià gràcies a la donació d’Unifred, dit Bonhom, de la seva esposa Guisla i del seu fill, el levita Garí, dit Gausbert (3 d’agost de 1009 i el 6 d’octubre de 1025).
Però Sant Martí del Canigó havia rebut també anteriorment (7 de maig de 1007) d’Ermengarda, comtessa de Rosselló (segona esposa de Guislabert) un important alou “infra fines de Salaoni sive Luplani, alou concedit “a l’abat Esclua i als monjos que hi habiten”. L’abat Esclua, sota el govern del qual s’edificà l’església abacial de Sant Martí, era probablement originari de Llupià, ja que el 6 de febrer de 1026 —any mateix de la segona consagració de Sant Martí— ell i el seu germà Salomó donaren ensems a l’església del Canigó una peça de terra i una vinya del territori de Llupià.
Les afrontacions de les terres donades dins aquestes diverses cartes fan veure que els propietaris alodials eren en majoria encara al segle XI, i una donació feta el 1072 per Pere Guillem (de la família dels vescomtes de Conflent) ho confirma encara vers la fi de segle. Tanmateix, des del 1091, apareix la família senyorial que prengué el seu nom de la vila, amb Berenguer de Llupià. Els Llupià no van deixar mai de posseir la senyoria del lloc, aleshores inclosa dins el vescomtat de Castellnou, que era sotmès al comtat de Besalú. A la mort del darrer vescomte, Jaspert V, el 1321, Llupià fou alienat, amb Corbera, a favor de Pere de Fenollet (vescomte d’Illa). Nombrosos personatges distingits han sortit del llinatge dels Llupià, existent en l’actualitat a Catalunya. (PP)
El poble sembla que tenia una sagrera que encara s’endevina en l’organització urbanística actual i en les restes de muralles que han arribat fins a avui. A migjorn de l’església hi ha dos panys de mur, amb una alçada superior als 6 m i una longitud d’uns 30 i uns 18 m, que fan angle i clouen actualment el pati de l’escola. Aquestes muralles són situades a uns 30 m de l’església, fet que fa pensar en els límits d’una sagrera de trenta passos, i que fa suposar un clos d’uns 80 m —de sud a nord— per uns 50 m. El fragment de muralla conservat és fet amb pedres i còdols col·locats fent filades ben arrenglerades i sovint formant una espècie d’opus spicatum. Hom considera que pot ser una paret del segle XIII (Bayrou-Castellví, 1987, pàg. 204), fet que no impedeix en absolut un origen molt més antic de l’organització d’aquest espai sagrat proper a l’església, segurament en una data no gaire allunyada de l’any 1000. (JBM)