Un dels primers esments del lloc de Bolquera (Bolcaria) data de l’any 948, com a límit territorial d’un alou situat al comtat de Cerdanya, al pagus de Llívia, dins la vil·la de Vià, cedit pel prevere Adroer al monestir de Sant Llorenç prop Bagà. L’església parroquial de Santa Eulàlia de Bolquera és mencionada en el suposat capbreu de Santa Maria de la Seu d’Urgell, del 819, però que ha de correspondre a mitjan segle XI.
Ja a l’inici del segle XIV, entre els anys 1312 i 1314, l’ecclesia Ste Eulalie de Bolquera figura en la relació de parròquies visitades pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona, segons consta en les llistes de visites que han pervingut.
Aquesta parròquia pertangué al bisbat d’Urgell fins l’any 1803, moment en què passà a dependre del bisbat de Carcassona, que momentàniament havia absorbit el de Perpinyà. L’edifici actual, emplaçat en el lloc on hi havia hagut l’antic castell de Bolquera, consta d’una sola nau amb capelles laterals força profundes que daten dels segles XVIII i XIX, comunicades entre si per grans obertures de mig punt. El campanar és suportat per la torre del castell medieval, única resta d’aquesta fortalesa que ha romàs.