La villa Clerani (878), que segurament fou la successora d’un antic domini gal·loromà, fou adquirida pel monestir de Sant Germà de Cuixà a partir del 878 i no deixaria de dependre d’aquesta abadia fins a la fi de l’antic règim. L’església parroquial de Sant Martí de Clerà és coneguda també des del segle IX. Fou en aquesta església que els monjos de Sant Andreu d’Eixalada i de Sant Germà de Cuixà es reuniren, el mes de febrer del 879, per recollir els testimonis i els juraments que permeteren, d’acord amb la llei visigòtica, de reconstituir les cartes de compra i donacions dels seus béns, perdudes amb la destrucció del monestir d’Eixalada per un aiguat de la Tet de l’octubre del 878. La parròquia de Sant Martí de Clerà fou una possessió de Sant Miquel de Cuixà i així consta per primera vegada en la butlla del papa Agapit II adreçada a aquest monestir l’any 950 i de nou els anys 968 i 1011, en sengles butlles dels papes Joan XIII i Sergi IV. (PP)
En l’actualitat, l’església de Sant Martí, situada al centre de la població de Clerà, és un edifici que palesa diverses fases en la seva construcció. A la façana de llevant del temple actual es conserva el fragment d’un absis semicircular (o ultrapassat?), on s’obre una finestra d’una sola esqueixada, que és l’element més antic, probablement alt-medieval, de l’església. L’aparell, molt restaurat, és format per reble irregular, embegut en morter, sense formar filades, i en el seu conjunt evoca certes formes constructives i tecnològiques datables al segle X. (JAA)