L’any 959 consta que el magnat Riculf tenia propietats “in villa que vocant Serra”. L’any 1017 en una butlla del papa Benet VIII era confirmat un alou de Serra al monestir de Banyoles. L’església de Santa Maria ja existia l’any 1123, data de l’acta de consagració de l’església de Sant Iscle d’Empordà, on és consignat que pel cantó de llevant del seu terme limitava amb el de la parròquia de la Serra. La parròquia de Santa Maria de Serra també és esmentada l’any 1198. L’edificació actual no conserva cap rastre de l’edifici anterior. És una construcció de la segona meitat del segle XIX, la qual fou consagrada amb data 1 de juny de 1884 pel bisbe Tomàs Sivilla. D’època anterior resta només el campanar, dels segles XVII i XVIII.