L’església de Santa Coloma ja existia l’any 1123, puix que consta com a límit del terme de la parròquia de Sant Iscle d’Empordà: “sanctae Columbae de Matella”. En un document de l’any 1163 un personatge anomenat Gerallo féu una donació a l’abat del monestir de Sant Miquel de Fluvià, amb motiu d’haver construït l’església de “sancta Columba qui dicitur Matella”. Es deu tractar d’una reforma 0 o una reedificació, ja que l’església ja existia anteriorment. Un any més tard, el 1164, Guerau de Pals féu donació a l’abat de Sant Miquel de Fluvià de l’honor que tenia en aquesta parròquia, la qual en aquest document és anomenada “beatissime virginis Columbe de Metela”. L’any 1275 1 2 i el 1317 l’església surt esmentada encara com a parròquia, la qual figura en les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280 i encara al final del segle XIV. En una data desconeguda s’hi havia installat un convent de monges benedictines. L’any 1368, com a conseqüència d’una epidèmia de pesta de l’any 1348, el monestir fou unit al de Sant Joan de l’Erm i al de Santa Margarida de Roses, per tal de formar-ne un de sol. Aquell any, entre les tres comunitats només hi havia cinc monjos. Actualment al lloc on hi hagué aquest temple hi ha el mas Cebrià, un gran casal dels segles XVII i XVIII, que té adossada una petita capella, sense culte, que no sembla anterior a l’època esmentada.