Aquesta església, ara una simple parròquia, es troba a la part més baixa del poble del mateix nom, prop del riu d’Ondara. Avui es presenta com un edifici gòtic, bastit al segle XIV i reformat posteriorment, que no conserva traces de l’estructura romànica original. Fou durant l’edat mitjana un priorat canonical o pabordia filial de Santa Maria de l’Estany (Bages). Els seus orígens són ben coneguts i s’han de posar en relació amb la voluntat del senyors del castell de Rubinat, els Òdena, que impulsaren la fundació dins el terme d’aquest castell del priorat dels Arquells. L’església de Sant Pere ja existia el 1084, en què Guillem Bernat d’Òdena i la seva muller Ermengarda donaren a Santa Maria de Serrateix un alou que tenien al comtat de Manresa, al lloc de Sant Pere dels Arquells, dins la parròquia i el terme de Rubinat. En el seu testament del 1085, Alamany Onofred, feudatari dels Òdena, deixà dues unces a Sant Pere dels Arquells. L’any 1086 Guillem Bernat d’Òdena amb la seva muller i els seus fills, que havien estat els impulsors de la construcció de l’església de Sant Pere, van dotar-la amb el castell de Llindars, alguns molins i altres béns. Potser els Òdena tenien la intenció de fundar-hi un monestir que no arribà, però, a reeixir. Pocs anys més tard, el 1100, Ramon Guillem d’Òdena, fill dels fundadors, seguint el consell de Bernat Dalmau, clergue de Vic i arxilevita de Tarragona, féu donació d’aquesta església a la canònica de l’Estany perquè hi fundés un priorat. El 1133 el bisbe Ramon Gaufred confirmà a l’Estany els drets sobre els Arquells.
El 1105 ja consta que hi havia als Arquells una comunitat religiosa sota les ordres d’un superior, anomenat prior, paborde o prepòsit segons els casos. Entre els segles XII i XIV la comunitat es componia de cinc canonges amb el prior o paborde, dos beneficiats i alguns servents o deodonats. Entre els canonges es distingien els càrrecs de sagristà i cambrer. Els Òdena i altres senyors del rodal van dotar Sant Pere dels Arquells amb nombroses rendes i esglésies subjectes, com Santa Maria de Rubinat, Sant Salvador de Rubinat, Santa Maria de Montmagastrell (Urgell) i Sant Joan i Santa Maria de Pontons (Alt Penedès).
La decadència de l’Estany arrossegà la dels Arquells. El 1413 tenia ja només un paborde i un canonge, i des de la meitat d’aquest segle sols hi consta un paborde, que normalment no residia al priorat. El culte religiós estava en mans d’un sacerdot arrendatari. Tanmateix, la pabordia dels Arquells es va considerar canonical fins a la seva secularització el 1592. Aleshores Sant Pere dels Arquells s’uní al monestir de Montserrat en qualitat de priorat, situació que es va mantenir fins el 1835. L’antic cenobi es convertí durant els segles XVII i XVIII en una granja de Montserrat regida per un prior i alguns servents. En els darrers temps Sant Pere dels Arquells tenia només un sacerdot secular, presentat per l’abat de Montserrat i acceptat pel bisbe de Vic. Després del 1835 els Arquells esdevingué una simple parròquia del bisbat de Vic. El 1957 s’incorporà al bisbat de Solsona com moltes altres parròquies veïnes.