Aquesta parròquia ja existia l’any 1136, quan Guerau de Rupià donà un alou de “Sancti Georgii de Vallibus” a l’Hospital de Sant Joan de Jerusalem. L’any 1319 Dalmau de Palau prestà homenatge al bisbe de Girona Pere de Rocabertí per raó del terç del delme d’aquesta parròquia.
Aquesta església havia pertangut a l’ardiaconat de l’Empordà i després passà a l’arxiprestat de Girona.
En aquesta parròquia tenien alguns drets els Palol als segles XIII i XIV. L’any 1424 el rei Alfons el Magnànim es vengué el mer i mixt imperi de la parròquia a Andreu de Biure.
En temps de la guerra contra Joan II és esmentat el castell d’aquesta parròquia. Així, l’any 1466 hom parla a Girona que la reina visità la ciutat “procedent del castell de Sant Jordi Desvalls”.
L’any 1719 hom demanà permís per ampliar l’església, el qual no fou concedit fins el 4 d’abril de 1735. A l’edifici original foren afegits alguns altars laterals. La façana fou refeta l’any 1737, segons consta en la data que exhibeix.