El lloc de Santa Llogaia, que era del comtat de Besalú, a tocar del d’Empúries, ha estat identificat amb el lloc anomenat “horto medio”, el qual apareix esmentat en el testament del comte Bernat Tallaferro de l’any 1020: “et ad filium suum Berengarium remaneat… ipsum alodem quem habebat infra términos de villa Palaciol, sive in villa Fedacio, vel in horto medio…”. “Villa Palaciol”, o Palol Sabaldòria, ha estat sempre sufragània de la parròquia de Santa Llogaia, mentre que per a les qüestions civils ha depès de Vilafant, o “villa Fedacio”. L’any 1105 l’indret és anomenat “sanctae Leocadiae”. El 1167, Guillem, bisbe de Girona, donà l’església de Santa Llogaia i la seva sufragània del castell de Palol Sabaldòria al monestir de Santa Maria de Ripoll: “ecclesiam sanctae Leocadiae de horto Madronae cum ecclesia castri de Palatiolo suffraganea seva”. El mateix any 1167 la possessió de l’església i de tot el lloc de Santa Llogaia fou confirmada al monestir pel papa Alexandre III: “ecclesiam sanctae Leocadiae cum villa in qua est constituta cum suis decimis et primitiis”. Els anys 1277 i 1280 Galzeran de Mont-roig prestà homenatge al bisbe de Girona per raó dels diversos delmes que tenia en feu, entre els quals hi havia el de Santa Llogaia. D’ençà del segle XII el nom de la població fou ja el de Santa Llogaia d’Àlguema, i com a tal apareix en les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280 i en els nomenclàtors diocesans del final del segle XIV. En un document de l’any 1362 figura que les esglésies de “sancte Leocadie de Algama” i de “Palacio de Bauloria” formaven un sol districte parroquial i eren regides pel mateix rector. La població de Santa Llogaia d’Àlguema es veié afectada, igual que altres llocs de l’Empordà, pels forts aiguats de la tardor del 1421, els quals malmeteren l’edifici de l’església parroquial, que hagué d’ésser reconstruït. La data del 21 d’octubre de 1777, gravada a la llinda, indica la realització de noves obres al segle XVIII. Santa Llogaia d’Àlguema formava part de la batllia reial de Figueres l’any 1698. L’església de Santa Llogaia d’Àlguema és un edifici construït al final del segle XVIII, que conserva a la façana de tramuntana un fragment de mur que pot correspondre a una construcció alt-medieval. El parament d’aquest mur ha estat fet amb petits carreus amb treballs desbastats, disposats en filades irregulars, els quals no permeten en el seu estat actual una datació precisa per a les estructures de l’església, que hom desconeix.